Blue Seed está basado -muuuy a grandes rasgos- en la épica mitológica del Ciclo de Izumo; que narra el enfrentamiento del dios Susano-Oh con la serpiente de ocho cabezas Yamata no Orochi; criatura que fue representada hasta el hartazgo en mogollón de mangas y que aquí tiene una nueva versión para tiempos más modernos.Momiji Fujimiya es una estudiante de instituto normal y corriente (en realidad; es la reencarnación de una deidad y vive en un templo; así que más bien es todo lo contrario; pero ya sabemos cómo varían los parámetros de normalidad en estos mangas) que un día es atacada por un hombre de ojos gatunos; pelo verdoso; y unas magatamas (las «semillas azules» del título) en las manos; que no para de llamarle Kushinada a la vez que intenta matarla. Momiji se salva por los pelos gracias a la intervención de un grupo gubernamental que ahuyenta al hombre a tiros. Confundida e intrigada; Momiji busca de dónde le suena el nombre «Kushinada» y descubre que se refiere a una antigua princesa de la mitología cuya sangre tiene el poder de detener a unos monstruos llamados aragami («deidades furiosas») de quien ella sería la reencarnación; y que será el botín de dos equipos rivales que buscarán sacrificarla o protegerla según su propósito. Poco después; la ataca uno de estos aragami y vuelve a entrar en escena Kusanagi; el de las magatamas; ¡pero esta vez intentando protegerla; ya que es un antiguo aragami en busca de venganza! Cuando uno de los monstruos le atraviesa el pecho; Momiji incorpora la magatama a su cuerpo; y a partir de entonces tiene el poder de percibir estos monstruos y presencias macabras. Así; Momiji; Kusanagi y el TAC (Terrestrial Administration Center) deberán forjar una alianza para impedir que las fuerzas del mal consigan resucitar a sus deidades y manden a tomar por culo a la humanidad y sus miles de años contaminando el planeta. Más tarde; vendrán surgiendo amigos y rivales; una hermana gemela que quizás no esté tan muerta como se creía; amenazas cada vez peores y demás elementos sorpresa que se baten y explotan en unas cientos de páginas; además de una historia corta a modo de extra.