En "Índole" se diluye considerablemente la cuestión indigenista, esta novela continúa la crítica a la religión organizada que Matto había emprendido en sus obras anteriores. La trama sentimental, que se estructura alrededor de las tensas relaciones entre un cura y su confesada, remite alegóricamente al conflicto entre iglesia y estado en el periodo de la modernización.