As culturas são colonizadas por comunidades microbianas complexas e algumas delas são prejudiciais e causam doenças, enquanto outras promovem o crescimento das plantas e aumentam a aquisição de nutrientes e a tolerância às tensões bióticas e abióticas através de uma multiplicidade de mecanismos . Os fungos ou bactérias que crescem dentro do tecido vegetal sem causar qualquer dano ao hospedeiro são denominados como endófitos. Associam-se à maioria das espécies vegetais encontradas em ecossistemas naturais e geridos. Os endófitos são considerados como importantes parceiros vegetais que desempenham um papel importante na melhoria da tolerância ao stress do hospedeiro, em comparação com aqueles que não têm essa simbiose]. A maioria dos endófitos são encontrados sem qualquer efeito conhecido, mas numerosas bactérias e fungos estabelecem uma associação mutualista ou patogénica com a planta hospedeira. Na sua maioria, o resultado das interacções depende de factores ambientais, do genótipo tanto do hospedeiro como do microrganismo que interage. Os endófitos são os microrganismos, que colonizam sem sintomas o tecido vegetal vivo sem causar qualquer efeito negativo imediato e evidente sobre a planta.