Miguel Ángel asume la responsabilidad de guiar a la hija de Abril mientras las fuerzas rebeldes se preparan para confrontar a Baxter Stockman, el principal aliado del Clan del Pie. Abril se entera de la trágica suerte de Splinter y Donatello, quienes fueron emboscados por Oroku Hiroto en Japón, Miguel Ángel se prepara para la inevitable batalla final. La isla de Baxter Stockman se convierte en el blanco de un ataque meticulosamente planificado. La ciudad de Nueva York está en total oscuridad, el régimen opresivo de Oroku Hiroto está al borde del colapso.